2022년 11월 12일 토요일

easier R than SPSS with Rcmdr : Contents

 

easier R than SPSS
with Rcmdr
 

Written by Jeehyoung Kim


 

foreword

 

This book covers statistical tests for beginners.

Some time ago I was talking with a professor of statistics, who told me that she wanted to have a program that was suitable for teaching students. SPSS is an easy GUI method to teach to the general public, but it’s expensive. Because R is script-based, it is difficult to teach to the general public.

Rcmdr provides easier menu configuration and more intuitive results and graphs than SPSS. It is also highly expandable and will be a bridge that leads to a wider world of R.

 The first target readers I considered in writing this book is the students. The second readers are the professors who teach the students. Most of professors will be familiar with R, SAS, or SPSS. But what professors are familiar with and what professors tell their students about it is another completely different part of the challenge. I have that difficulty, too. If you’re looking for a program with easy-to-teach menus, a program that’s never lacking in functionality, first take a quick look at this book. Then you’ll find that this is a tool that’s easier to learn and use than SPSS.

 

Aug 2022

Jeehyoung Kim

 

Contents

Part 1 Basic Statistics

ch.1 Installation. 7

ch.2 t-test 13

ch.3 Nomality test and Variances test 26

ch.4 Wilcoxon rank sum test 34

ch.5 Better Plots 39

ch.6 ANOVA.. 53

ch.7 2-way ANOVA.. 59

ch.8 ANCOVA.. 66

ch.9 Kruskal-Wallis test 70

ch.10 Chi-squared test 73

ch.11 Correlations 86

ch.12 Linear regression. 99

ch.13 Logistic regression. 112

Part 2 (ch. 14-16) Survival Analysis

ch.14 KM curve and log-rank test 125

ch.15 Logrank trend test 132

ch.16 Cox regression. 134

Part 3 (ch. 17-19) Statistics on Diagnosis

ch.17 ROC.. 148

ch.18 Sensitivity and Specificity. 162

ch.19 Kappa statistics for agreement 164

Part 4 (ch. 20-22) Analysis of paired data

ch.20 Paired t-test and Wilcoxon signed rank test 169

ch.21 Repeated-Measures ANOVA and Friedman test 177

ch.22 McNemar test Cochran Q test 196

ch.23 Propensity Score Matching and Analysis 201

Part 5 (ch. 24-27) Dimensional Analysis

ch.24 Principal Component Analysis (PCA) 222

ch.25 Factor Analysis 230

ch.26 Cluster analysis 236

ch.27 Factor analysis and cluster analysis 253

Part 6 (ch. 28-34) Samples Size Calculation

ch.28 proportion of two groups 256

ch.29 mean of two groups 260

ch.30 paired mean of two groups 263

ch.31 two survival curves 265

ch.32 Calculation of power 269

ch.33 Many other studies 272

ch.34 Meaning of sample size (power) calculation. 275

Part 7 (ch. 35-41) Uploading and Editing Data

ch.35 Uploading your data. 288

ch.36 Removing missing values 297

ch.37 Calculating and inserting new variables 298

ch.38 Variable standardization. 300

ch.39 Continuous variable as interval variable. 302

ch.40 number as a nominal variable. 309

ch.41 Reorder factor levels 312

ch.42 Original menu and New menu. 314

Closing. 318

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  • R data visualization book 2
https://tinyurl.com/R-plot-II-2  simple variables
https://tinyurl.com/R-plot-II-3-4   many variables / map
https://tinyurl.com/R-plot-II-5-6   time related / statistics related
https://tinyurl.com/R-plot-II-7-8   others / reactive chart 
 



수인성·식품매개감염병 집단유행역학조사 자료처리 실기 강의

수인성 식품매개질환 조사 실습

 

상 황 1

201787OO군 보건소에 설사, 복통 등을 호소하는 환자가 집단으로 발생한 사실이 신고되었다. 이들은 모두 OO△△면 주민들이며, 공통적으로 8512시의 결혼식 잔치에 참석한 후에 이러한 증상이 나타났다는 사실이 보건지소에 의해 파악되었다. OO군은 농촌에 속하며 위생과 의료시설이 양호한 지역으로, 결혼식 이전에는 마을에서 이전에 특별한 행사나 설사질환의 유행발생이 보고되지는 않았다

상 황 2

환자발생 지역에 대한 조사를 실시한 결과, 잔치에 참석한 주민은 모두 63명이었으며, 이중 2명은 잔치에 참석하기 전부터 설사증상이 있었다고 한다. 보건소 역학조사로 55명의 주민에 대한 자료가 수집되었다. 주민들은 85일 저녁 늦게부터 설사증상이 발생하였으며, 증상은 주로 설사와 복통을 호소하였고, 가끔 구토, 오한 등을 호소하였다. 환자에 대해 설문조사를 실시하고 가검물을 채취하였으며, 잔치에 같이 참석하였지만 증상이 없는 주민에 대한 설문조사를 실시하였다. 잔치에 사용되었던 음식 일부와 마을 주민이 사용하는 공동식수를 수거하여 미생물검사를 실시하였다.

상 황 3

보건소 및 보건환경연구원에 실시한 가검물 검사결과, 음식물에서는 피조개와 삶은 문어, 환자 대변에서는 6명에서 장염비브리오균 (Vibrio parahemolyticus)가 양성이 검출되었으며, 분자유전학적 근연성 분석을 위해 질병관리본부에 검체를 의뢰 하였다.

 

1. 사례정의(Case Definition)를 만들어보시오.

2. 잠복기를 산출하라 (평균, 중위수, 최빈수)

3. 잠복기의 히스토그램을 제시하라

4. 음식물별 상대위험비(RR), 교차비(OR)를 제시하고 95% 신뢰구간을 구하라

5. 의심되는 섭취음식물을 특정하고, 그 한계점을 제시하라.

6. 감염원을 최종판단하고, 역학적인 판단이유를 기술하라

다운로드1 강의록

다운로드2 데이터

다운로드3  (대구광역시 매뉴얼 예제)

 

 

동영상 1 히스토그램 만들기




 

 동영상 2  2x2table 만들기


동영상 3 위험비 오즈비



동영상4 상관성과 인과성



동영상 5  네이버폼 이용해서 데이터 수집하기